Apesar da hostilidade com que Vasco da Gama foi recebido em Calecute, Portugal insistiu nos contactos com essa cidade, objetivo esse da armada de Pedro Álvares Cabral que partiu logo em 1500.
Contudo, os novos contactos cedo se transformaram em hostilidades de parte a parte que terminariam com o primeiro bombardeamento de Calecute. Pedro Álvares Cabral acabaria por estabelecer uma nova feitoria em Cochim e aquando do seu regresso a Lisboa informou D. Manuel da realidade política da região.
Com base nas informações, o monarca decide enviar outra grande armada comandada por Vasco da Gama, que parte em 1502 rumo à Índia. Esta armada de cerca de 20 embarcações, entre naus e caravelas, estaria repartida entre dois objetivos, sendo que uma parte sob o comando de Vicente Sodré se dedicaria a proteger as feitorias portuguesas no Índico, fazer corso à navegação muçulmana e bloquear o mar Roxo, enquanto a outra parte sob comando de Vasco da Gama se dedicaria ao comércio.
Após alguns percalços na obtenção de mercadoria para transportar para Portugal, Vasco da Gama tenta reatar as relações com Calecute, mas elevadas exigências de cada uma das partes levaria a um novo conflito que durou de 29 de outubro a 3 de novembro de 1502, com a captura de prisioneiros pelos portugueses e o novo bombardeamento da cidade a 2 de novembro.
Após diversos períodos de paz e de guerra, onde apoiados pelos mouros procuraram sempre desalojar os portugueses da região, as relações com Calecute só seriam normalizadas em 1584. Porém esta relação gozou de pouca duração visto que em inícios do séc. XVII a chegada de outros europeus à região mudou o equilíbrio de poderes em desfavor dos portugueses.