No dia 22 de novembro de 2018 a Direção-Geral do Património Cultural (DGPC) e o Museu de Marinha assinaram um protocolo de colaboração permitindo, assim, a cedência temporária de bens da DGPC, sob a tutela do Ministério da Cultura, e o Museu de Marinha. Este protocolo reveste-se de enorme importância, enriquecendo a exposição permanente do Museu de Marinha com peças cedidas na modalidade de depósito.
Com esta colaboração, a DGPC procedeu ao depósito no Museu de Marinha, de 279 peças de cariz arqueológica referentes a achados da nau “Nossa Senhora dos Mártires” hoje patente ao público na Sala dos Descobrimentos.
A nau da pimenta “Nossa Senhora dos Mártires”, com 18 rumos de quilha (27 m de comprimento), naufragou em 15 de setembro de 1606, em S. Julião da Barra do Tejo, no regresso da viagem à India para o comércio das especiarias, iniciado a partir de Cochim, em fevereiro de 1606.
Os artefactos, típicos de uma nau daquela época foram identificados em 1994 numa ação de arqueologia subaquática e estiveram expostos a público até 2001, no parque das nações, por ocasião da EXPO 98. Atualmente, podem ser observados no Museu de Marinha no núcleo da exposição permanente dedicada aos Descobrimentos Portugueses. A coleção exposta contém astrolábios, especiarias, recipientes e loiças de porcelana e prata e metais preciosos provenientes da “Nossa Senhora dos Mártires”.